2. Erillinen Autokomppanian perinnejoukkona on 66. Autokomppania, joka jatkosodassa toimi suoraan VI AKE:n alaisena. Sodan päätyttyä komppania sai 1.12.1944 käskyn siirtyä rautatiekuljetuksella Kerimäeltä Turkuun. Turussa komppania majoittui entiseen Turun Suojeluskuntapiirin rakennukseen Linnankatu 24:ään ja komppanian nimeksi 4.12.1944 vahvistettiin 2.Autokomppania. Tätä päivää pidetään 2.Erillisen Autokomppanian perinnepäivänä. 2.Autokomppania tuli 2.DE:n alaisuuteen ja siihen liitettiin 2.DE:n kuljetusjoukkue.

Komppania siirtyi 29.10.1947 Sirkkalan kasarmialueelle ja viimeiset korjaamotilat Yliopistokatu 7:stä ns. Montana talosta luovutettiin 21.2.1950 takaisin taloyhtiölle, tuolloin koko 2.Autokomppania oli siirtynyt Sirkkalaan. 2.Autokomppanian nimi muutettiin 2.Erilliseksi Autokomppaniaksi 20.3.1952.

2.Erillinen Autokomppania siirtyi Heikkilän kasarmialueelle lokakuussa 1970 ja oli vuoden 1988 loppuun asti itsenäinen suoraan sotilasläänin alaisena toimiva erillisyksikkö. Vuoden 1989 alusta toteutettiin Turussa puolustusvoimien organisaation uudistus. 2.Erillinen Autokomppania liitettiin Turkuun perustettuun uuteen joukko-osastoon, joka sai nimekseen Varsinais-Suomen Ilmatorjuntarykmentti. Organisaatiouudistuksesta huolimatta 2.Erillinen Autokomppania sai pitää omat joukko-osastotunnuksensa sekä omat huollon siniset kauluslaattansa.

Vuonna 2001 valtioneuvoston eduskunnalle tekemässä turvallisuus- ja puolustuspoliittisessa selonteossa esitettiin, että Varsinais-Suomen Ilmatorjuntarykmentti lakkautetaan 1.1.2003 alkaen. 2.Erillisen Autokomppanian henkilökunta ja Rykmentin muu kuljetusalan henkilökunta sai uuden tehtävämääräyksen vuoden 2002 syksyllä. Suurin osa siirtyi Porin Prikaatiin kuljetuskoulutuksen perässä. Autokomppania ei siirtynyt minnekään, se lakkautettiin, mutta kuljettajakoulutus jatkuu. 2.Erillisen Autokomppanian perinteet lakkautettiin myös vuoden 2002-2003 vaihteessa.